Nacido en París de padres alsacianos de origen judío que huyeron de la toma de Alsacia-Lorena por Alemania, estudió en París, en la Escuela Normal Superior. Luego estudia en Roma y en Gotinga donde recibe su doctorado en 1928. Permanece dos años en la Universidad de Aligarh. Y después de un año en Marsella enseña durante seis años en Estrasburgo donde se casa en 1937.
Al comenzar la Segunda Guerra Mundial se dirigió a Finlandia para evadir la leva. Fue prontamente apresado por las autoridades finlandesas, quienes lo creyeron sospechoso de espiar para la Unión Soviética (URSS). Según cuenta en sus memorias escapó a la ejecución gracias a la intervención de Rolf Nevanlinna. Weil regresó a Francia y se presentó al tribunal militar; juzgado el 3 de mayo de 1940, fue condenado a cinco años. Después de la capitulación francesa se unió a su familia en Marsella. En enero de 1941 dejan Francia ocupada por los nazis y parten hacia Nueva York.
Weil trabajó en la Universidad de San Pablo, Brasil, de 1945 a 1947, con Oscar Zariski. Enseñó en la Universidad de Chicago de 1947 a 1958. Pasó el resto de su carrera en el Institute for Advanced Study, en Princeton, Nueva Jersey.
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